Morgan成功投靠了Gertrude，但他也和Chuck鬧翻了，憤怒的Morgan甚至跟Chuck說出了不再是朋友的絕情話，還偷走了載有Beckman將軍交給Chuck一樁生意的U盤：從一個叫MatsZorn的人手上拿回一些CIA的保密備忘錄并抓住Zorn。對于Morgan的背叛，Chuck又憤怒又生氣，但他還沒有意識到是互聯系統出了問題。Chuck要從Gertrude那里把載有任務的U盤偷回來，而Casey在偷U盤時與Gertrude發生?既激烈又曖昧的纏綿式打斗……Eille告訴Sarah，有人修改了互聯系統，導致Morgan的本性被改變，Sarsh致電Beckman將軍，卻得知當天送來載有互聯系統眼鏡的人不是將軍，Chuck聽聞后大吃一驚，因為對方要害的人其實是他自己，Morgan無辜當了替罪羊，他要解救Morgan。在抓捕Zorn的當晚，Chuck小組成員和Gertrude、Morgan兩方人馬同時出動，Chuck試圖讓Morgan相信是互聯系統出了問題從而迷失了Morgan的本性，在爭執中，Morgan險些引發了大爆炸，讓他和Gertrude同時陷入火團中，Chuck和Casey奮不顧身撲向火海救出了Morgan和Gertrude。Morgan暫時恢復了神智，也與Chuck和好如初，但新的麻箛出現了：CIA對Morgan發出了暗殺令，因為他對太多的人說出了他就是互聯系統……