故事發生在距現在不遠的未來，我們人類所了解的世界看上去并沒有發生太大的變化，但是近來世界各地不斷有“異生獸”作亂的報告。為了暗中解決這個問題，成立了世界性的防衛組織TLT。他的日本支部被稱為TLT-J。而TLT-J的下屬組織就是夜襲隊NR(Night Raider)。他們的任務就是秘密的消滅異生獸。新的敵人異生獸突然出現在擁有驕人戰績的夜襲隊面前，他們陷入了苦戰。這時，光之巨人奈克瑟斯奧特曼登場了。奈克瑟斯奧特曼的適能者·姫矢準也出現了。奈克瑟斯利用相位的褶曲，制造出屬于自己的戰斗空間“美塔領域”。他在巨大化后，將異生獸拉到這個空間內進行戰斗。而且，ＴＬＴ的特殊飛行器合體后也可以進入這個空間，與奈克瑟斯一起作戰。TLT的新隊員，孤門一輝(川久保拓司 飾)，與和倉隊長以及其他的隊員一起處理著繁忙的任務。可是自從他遇到姬矢準(桐島優介 飾)后便對自己的任務已經周圍的環境產生了疑問。組織究竟隱藏著怎樣的秘密、隊員們的過去又是如何的、奈克瑟斯和異生獸的原形到底是什么？???孤門和姬矢準建立了深厚地友誼，并一步步地開始揭開謎底。