徐詠儀(李煜 飾)和俞北平(陳建斌 飾)在家收拾行李，準備隨時出發。在收拾行李的途中，俞北平卻發現徐丹妮(朱顏曼滋 飾)不見人影，便前往遲又一(林熙越 飾)家找徐丹妮。

而鄭翊(俞飛鴻 飾)正在面見徐文正(馮恩鶴 飾)，她將俞北平進入五號油庫警戒區的事告知徐文正，請求徐文正派人抓捕俞北平，但徐文正卻不同意。與此同時，徐丹妮正關在綏靖總署里，被宋強(李育生 飾)嚴刑拷問。在折磨下，徐丹妮始終不松口。

徐文正見鄭翊心意已決，只能放低姿態，請求鄭翊放過俞北平和他的家人。俞北平是徐文正女兒和孫女以后生活的保證，因此他極不希望俞北平出事。怎料鄭翊已先行一步直接向南京取得逮捕俞北平的許可，徐文正見此，只能把俞北平的責任都攬在自己身上，道明一切后果都由他承擔，以求得家人的平安。待鄭翊離開后，徐文正自殺于書桌前。

俞北平同林莎(齊溪 飾)見面，林莎告知俞北平徐丹妮已落在了鄭翊的手里，同時，也將關于毀城計劃的探查結果俞北平，他們已經確定五號油庫只是鄭翊的煙霧彈，真正的運輸入口是魚浦頭倉庫。俞北平告訴林莎魚浦頭有兩條線路，一號線和二號線，并且在二號線上有盲點。原來鄭翊目前所依據的地下水道圖紙為日本人所繪，而清城最早的地下水道則為德國人所造，因此某些管道并未在日本人所繪的這張圖紙上呈現出來，二號線便是如此。經商討后，他們準備在二號線上做文章，通過改變二號線線路把燃油引到城南的一個廢棄油庫。

同俞北平告別后，林莎暗自潛入魚浦頭油庫，帶著炸彈試圖引爆油庫，不料鄭翊早已安排在魚浦頭旁的官兵捉祝與此同時，謝楠帶人到魚浦頭的二號路線，試圖改動二號線。

特調局內，正在同下屬開會的鄭翊，得知林莎被捕的消息后，很是得意。鄭翊知道林莎專門經受過訓練，普通的審訊對她毫無作用，便決定讓林莎見徐丹妮，以擊潰徐丹妮早已被折磨得痛苦不堪的心理防線。這一招果然湊效，徐丹妮終于扛不住壓力，道出解碼書就藏在遲又一書房的書柜中。

另一邊，徐文正的副官田昱為了讓俞北平和徐詠儀安心登上飛機，向他們隱瞞了徐文正的死訊，只告訴他們徐文正早已登上飛往臺灣的飛機。俞北平和徐詠儀雖對消息存有疑慮，但最后還是聽從了田昱的安排，準備登機。

通過解碼書，鄭翊等人分析出了共黨要對一號線進行行動，當即下令要實行二號線計劃。而被關押在監獄里的林莎正在安撫情緒瀕臨崩潰的徐丹妮，徐丹妮為自己屈從于鄭翊的威脅后悔不迭，林莎則告訴徐丹妮，情報不過是俞北平為鄭翊設下的一個局，目的便是要鄭翊實行二號線計劃，好成功利用二號線的盲點。隨后，林莎知道自己必死無疑，便鼓勵徐丹妮不要放棄活的希望，并讓徐丹妮幫忙傳遞情報給俞北平。

共軍分成三路已經攻入清城，清城已注定要被共產黨掌控，毀城計劃迫在眉睫。怎料本就該出油的二號管線卻至今沒見油，鄭翊聽到這消息，心下已涼了一半，如此一來，毀城計劃已來不及。鄭翊故作鎮定，要下屬沿二號線反復排查。

正當這時，城南方向傳來了一聲巨響。鄭翊驚覺爆炸的方向不對，而她的下屬也正好前來告知鄭翊二號線路被共黨攔截，導入的燃油被分流到了城南的一個廢棄油庫的消息。毀城計劃崩盤，鄭翊聽著城南不斷響起的爆炸聲，整個人已然瘋魔。她將徐丹妮和林莎帶到綏靖總署二樓的陽臺上，準備讓她們看最后一眼清城。

而這時，俞北平和徐詠儀已經登上了飛往臺灣的飛機。在飛機上，徐詠儀由于擔心徐丹妮等人以及對前途的迷茫，忍不住失聲痛哭，俞北平輕聲安慰。

陽臺上的鄭翊指著正飛過頭頂的飛機，告訴徐丹妮和林莎，俞北平和徐詠儀便乘坐在這架飛機上，而這架飛機早被她裝上了炸彈，在飛行途中便爆炸，到時俞北平便會尸骨無存。林莎和徐丹妮聞言，皆是哀痛欲絕。在鄭翊朝林莎開槍的同時，林莎動用余生最后的力量，一個箭步沖上去，反手將鄭翊開出的第二槍打在了鄭翊身上，并拉著她一起從二樓墜下，最后，兩人竟同歸于盡了。在轉瞬間發生的這一切，讓徐丹妮很是難以置信。她望著林莎摔在樓底的身體以及其身后暈開的大灘血跡，痛不欲生。

不久，共產黨攻破了清城，徐丹妮也得以解救。從那天起，徐丹妮徹底喪失了她的父母俞北平和徐詠儀的音訊，而她則在多年后成為了清城大學一名教授，安然度過晚年。