趙無極(何中華 飾)向皇上稟明了齊王(方中信 飾)在路上遭人刺殺的事，皇帝(宋運成 飾)因此震怒，責令趙無極追查此事。趙無極送齊王前往皇上賜予齊王的潛龍邸，在路上，齊王希望趙無極能幫助自己找到自己的侍女蘇溢清(迪麗熱巴 飾)。趙無極一口應下。劉吉(沈保平 飾)和皇后(白珊 飾)得知皇帝已經知道此事并決心追查，頓時陣腳大亂，因為一旦皇上知道他們是追殺齊王的幕后主使，那劉吉和皇后都將人頭不保。此時此刻，皇后和劉吉也只得采取息事寧人的策略，他們決定先清除自己的作案痕跡，穩住齊王，避免多生事端。

通州臨河村，摔下山崖的申力行(林峰 飾)和蘇溢清并未死去，而是被路過的村民搭救。蘇溢清醒來之后便立刻要前往京城。受了箭傷的申力行則被送到父親故交的醫館療傷。此時，處理善后事宜的方毅(白海龍 飾)來到了通州，四處追查申、蘇二人下落，剛剛從村民家中出來的蘇溢清被他們發現了，正當蘇溢清束手無策，即將被抓的時候，受趙無極指派的東廠特務來到把她救下。而申力行就沒有如此幸運，方毅到醫館查找無果，惱羞成怒，防火燒了醫館，申力行和父親的那位故交躲到地下室強行撐過煙熏火燎直至昏死過去，方才幸免于難。申力行睜開眼睛，看到了自己的父親。得知因為愛子的緣故，導致醫館被付之一炬，且死了一位弟子，申梓木(黃文豪 飾)感覺愧對故友，對著申力行連抽好幾個巴掌，旁邊的仆人慌忙來勸勸阻，畢竟申力行身上的箭傷還沒好。申力行想要去找父親的弟子言亦冬，讓他幫助自己加入六扇門。深知官場險惡的申梓木堅決不同意，讓他守好家業，做好地主才是王道。此時言亦冬為了京城的一起兇殺案趕到通州申家，找師傅申梓木去幫助偵破此案，以應對刑部命令。

申梓木在驗尸過程中發現，死者身上的致命傷是肋部的刀傷，根據其黑黑的牙齒，申梓木判斷此人應該吸食鴉片成癮。而下體受過閹割，以及臉上縱橫交錯的刀傷，只是為了掩人耳目，混淆視聽，擾亂捕快辦案思路。于是，申梓木讓人去查宮里最近有沒有失蹤的公公。

來到了潛龍邸的齊王讓自己手下人幫自己婉拒了眾多大臣的見面請求，可劉吉卻不顧阻攔，執意要見齊王。齊王接見了劉吉，劉吉稱自己找到了暗殺齊王的兇手，請齊王和他一起前去查看。可當齊王與劉吉一起來到大牢的時候，見到的卻只是幾具面目全非的尸體。劉吉與自己手下的錦衣衛都指揮使劉進(周帥 飾)相互配合，演起雙簧，將刺殺齊王的黑鍋推到了綠林豪杰的身上。心知肚明的齊王看穿了他們演的這出把戲，但卻沒有當場戳穿。劉吉看到齊王模棱兩可的態度，決定清除自己曾追殺齊王的痕跡。于是，派方毅曾經的手下孫乾殺方毅滅口，并許諾事成之后有其接替方毅的百戶職位。重賞之下必有勇夫，孫乾不顧往日情誼，趁方毅搜捕申力行之后筋疲力盡之時，兇殘殺死方毅，取出了方毅身上象征著百戶身份的銘牌，取代了他的位置。

蘇溢清來到了京城，找到了齊王，向其引薦一路幫助自己化名為程咬金的申力行，希望齊王把此人當做京城的心腹。齊王答應要找到申力行以報恩，但是卻沒有發展自己在京城的勢力的想法，他決定安心回到濟南做自己的藩王。此時，趙無極上門求見，齊王向趙無極表達了自己想要離京的想法，希望趙公公派人幫忙護送，而趙無極告訴齊王朱見溢，一旦離開京城，那就必死無疑。