海隆號深潛被困海底洪少秋(靳東 飾)展計算機才華

被擊斃的那名非法入境者驗尸后也有了一些發現，根據子彈判斷，擊斃他的應該是職業狙擊手。由此可見，這些入境者水平遠高于之前的三島市諜報網，應該是K集團派出的高手。他們為了一個新目標來到三島市并且密集活動，肯定跟比目魚出任K集團管理者有關。

這一個月以來，從劉子岸自殺開始，直到鄭婉芝(莊慶寧 飾)的落網，雖然案情有了重大進展，但洪少秋卻總感覺被對手牽著鼻子走。對方就是想讓國安誤以為301已經結案，到時才暴露真實目的。洪少秋建議不如順水推舟在內部出一個正式結案的結論，然后再暗中撒網引出嫌疑人。葉晗也非常同意這個方法，只有周局覺得風險太大，還需要考慮。

離深潛器下水只有兩天了，周局要求大家一定要把周邊問題全部解決。洪少秋拿出一個坐標方位交給周局，請求上級部門在那里仔細搜索，他懷疑那里有間諜放置的海底探測器。這時江源(劉立 飾)跑來告訴大家，米小冉(吳謹言 飾)醒了，只是肺部還有少量有毒氣體，可能會留下后遺癥。

專案組封鎖了鄭婉芝的診所，在里面發現一些照片，證明鄭婉芝就是之前給國安寄信的人。經過潛水員仔細的搜尋，果然在海隆號下潛的位置發現了海底探測器。利用這個裝置，就可以竊取海隆號全部數據。

洪少秋擔心還會有其他設備對海隆號造成威脅，并且此時可以肯定還有兩名間諜在外面活動。所以他主動要求明天跟海隆號一起下潛實驗。技術處臨時趕制出了一個反干擾裝置，但是這個裝置需要人工放在海隆號里并且實時操作。葉晗也同意洪少秋的想法，但覺得最佳人選是自己。周局同意讓葉晗去。

海隆號下海的日子終于到了，周局長親自出馬，國安對每個環節嚴防死守。張工他們直接從301出發，而張妍(李依伊 飾)則由高一天(王梓權 飾)接去現場。因為張西洋(焦體怡 飾)覺得張妍太年輕不適合參加這種場合，所以張妍是偷偷溜出來的。在去的路上，張妍對高一天說即使海隆號出現問題，負責智能系統的她也可以保證船員安全歸來。高一天聽見這話，又開始動壞腦筋。

在海邊的指揮室里，張西洋等三人用秘鑰啟動了海隆號準備進艙。周局跟張工商量，讓擅長干擾技術的葉晗一起進艙。張工提醒葉晗，深潛帶有很大的危險，如果有身體不適一定要說出來。

經過測試，智能系統和動力系統一切正常。但是在海隆號下潛到三千米之后，指揮室和海隆號忽然失去了聯系，甚至國安的系統也無法跟葉晗通話。國安總部的肖衛(高爽 飾)報告發現強烈的干擾信號，而信號竟然就來自于海隆號內部!

海隆號里，商菲菲也發現跟指揮室失去了聯系，葉晗的通訊系統和衛星電話也都失靈了?，F在繼續下潛非常危險，葉晗建議立刻返航。雖然機會難得，張工還是忍痛下令返航，可是商菲菲發現智能操作系統竟然也失靈了。指揮室里也發現了海隆號正以自由落體的方式下降?，F在只有負責智能系統的張妍可以解決問題。

洪少秋給張妍打電話，才發現已經跟妹妹失聯了。唯一的線索就是張妍被高一天接走了。可是國安總部受到黑客攻擊，根本無法提供高一天的方位。這時指揮室又發現了新問題，氧氣系統也失靈了，艙內氧氣只能維持四個小時。葉晗發現敵人的信號干擾裝置就在海隆號尾部。

現在海隆號的智能系統被改寫，必須有人在外面寫出新系統并傳輸進來，但是那需要幾天才行，可是現在根本無法與外界聯系。葉晗和劉進聯手，修復了通訊系統，他們發現實驗數據也在被竊取。

商菲菲提出了一個理論上可行的辦法，那就是回301總部拿到智能系統的源代碼再用代碼改寫，并修改黑客造成的漏洞再上傳至海隆號。這巨大的工作量需要一個電腦黑客，這時米小冉堅持來到了現場。

洪少秋和米小冉回到301，卻發現張妍的電腦根本打不開。他們從深層硬盤入手，拼湊出源代碼開始改寫，必須要在兩個小時內完成任務。米小冉這時才發現洪少秋竟然也是個電腦高手，而且比自己還強。

經過推測，國安總部的干擾源就在內部，江源提議檢查那名非法入境者的尸體。張西洋等人在海隆號內部因為缺氧意識逐漸模糊。而張西洋則非常自責。

在米小冉和洪少秋的合力之下，智能系統恢復完成，緊接著就要找漏洞。而這時海隆號馬上就要撞擊海床了，由于缺乏智能系統的保護，這會對船體造成嚴重傷害。