故事主要描述當今教改體制的問題，表達對主流市場、競爭的懷疑及現今初中生在面臨教育改革的沖擊與升學壓力之下，與學校師長、教育制度和青少年內心情感所發生的沖突與成長。首次擔任制作人的侯文詠表示，當初在制作籌備時還特地請教瓊瑤和蔡康永，蔡康永還建議他“如果你不要那么煩惱，就必須找一個比你更煩惱的人來幫助你”，果真侯文詠以“卑賤的價碼”“騙”來比他更會煩惱的易智言來執導演筒。易智言一聽就傻笑說：“我的頭發已經不多了，拍完這部片大概頭發也掉光了”！劇中的主人翁們面臨親情、友情和愛情的考驗，并掙扎在發現自己與大人所鋪好的順利未來中做選擇，角色十分吃重且具有挑戰性。因此易智言在小主人翁的選角上花了許多心血，最后終于由黃河 、張書豪(張書豪 飾)、胡桓偉、鄧圣耀、紀培慧等人脫穎而出。相較于“藍色大門”，易智言表示這次“危險心靈”是國中生的題材，角色增加許多，再加上有學測問題，在在都提升了演員甄選的難度。