慶源大君突然生病，高燒不退，引起內醫院一陣驚慌，而長今堅持婉拒擔任中宗的主治醫官，閔政浩(池珍熙 飾)對長今如此輕易放棄感到遺憾，此時京城已經開始傳出痘瘡病癥，長今深入乞丐的住處，愿意一個人和患有痘瘡的小朋友被隔離在茅屋，專心替孩童治病，內醫院稟報中宗和皇后，慶源大君的癥狀正是痘瘡，皇后痛哭流涕，親自出宮找尋長今，此時雖然長今已經治好痘瘡的孩童，但是并不知道確切的病因，奉皇后之命回宮之后，與所有內醫院醫官和醫女一心一意同心協力，治療慶源大君，慶源大君終于康復，完成困難的使命，皇后對長今另眼相看，對過去自己所犯下的錯誤請求原諒，而中宗也不顧朝廷眾臣反彈，執意要任命長今為從六品主簿……