徐小愚與瑪麗來不及上閣樓便躲進了廁所的隔間，孟書娟(張歆怡 飾)逃跑時突然跌倒在地，她發現自己腿上有很多血，卻不明白自己為何突然出血。蘇菲(蘇曉彤 飾)等人在閣樓里躲著，沒等孟書娟上來，她們就把隔間的樓梯收了上去。

日軍沖進教堂后開始肆無忌憚地搶奪里面值錢的物品，玉墨(小宋佳 飾)聽到地窖外面有女孩子的動靜，她趕緊上去打開地窖的門，發現孟書娟躲在角落里，她把孟書娟帶到地窖。

孟書娟表示自己就是死在外面也不要跟玉墨在一起，玉墨扇了她一巴掌讓她有什么仇等日軍走了之后再說。玉墨看到孟書娟腿上的血便明白了一切，她拿來豆蔻(張可佳 飾)的新衣服給孟書娟換上，并讓孟書娟不要怕，來月經只是生理現象而已。

瑪麗越來越不安，她不肯躲在廁所隔間便沖了出去，正好遇到幾名日軍，日軍看到年輕貌美的瑪麗就猥瑣地沖了上來，瑪麗大叫起來。法比(張嘉譯 飾)在樓下聽到瑪麗的哭喊聲，他趕緊上樓制止日軍的行為，結果被日軍用刺刀傷到頭部。

日軍們爭搶著脫瑪麗的衣服，在掙扎間瑪麗被他們從樓上的窗戶推了下去，瑪麗不慎墜樓身亡。

之后日軍發現教堂里還有一間閣樓，他們踩著梯子要打開閣樓的門卻怎么也夠不到，之后日軍拿刺刀捅，拿槍射向閣樓，法比與英格瑪神父過來告訴他們閣樓上什么都沒有，讓日軍不要再禍害教堂，日軍不依不饒地讓他們找梯子過來。

一直躲在不遠處廢棄樓房里的戴濤(胡歌 飾)看到日軍闖入教堂后，他向教堂外面的空地扔了一個手雷，日軍被突如其來的爆炸聲嚇到，日軍只好拿著武器離開了教堂。

不久后黑巖久治(山崎敬一 飾)與孟司長來到了教堂，黑巖久治問法比里面是否有孟書娟，法比表示死去的瑪麗是他剩下的唯一學生，黑巖久治假惺惺地說自己本來想帶教堂的女學生們離開南京，既然大家都已經離開，也就沒有他的任務了。