九年后成為審判官的孟書娟(張歆怡 飾)回到南京，此次要在南京進行對日軍二級戰犯審判。

日本百姓認為大和民族是貴胄，他們在亞洲的戰爭實際是在解放亞洲，南京大屠殺時廣島居民反而在連夜狂歡慶祝。

朱光煜(郭廣平 飾)在審戰犯田中秀樹(平田康之 飾)時，田中秀樹不僅不知悔改，還自視甚高，他認為朱光煜的官銜比他小，要態度恭敬地與他講話。朱光煜斥責他不知好歹，死到臨頭還不肯認罪。

田中秀樹認為廣島長崎人民無緣無故被投了兩顆原子彈也是受害者，中國現在不過是與蘇美等國勾結。朱光煜反駁道廣島長崎的人民實際上是日本軍國主義的受害者，如果真為日本百姓著想，這些戰犯就該盡快伏法，還有日軍主戰的將軍才不是什么拯救者，而是社會的人渣、垃圾、敗類。

在圣馬德倫教堂的從葬坑里發現兩千多具尸體，白骨上有明顯的刀傷，衣服也已經腐爛，孟書娟想起了當時她在教堂里經歷的一切。法庭在南京市搜集人證物證，由于要出席的證人太多，他們只能選擇一些有代表性的證人出庭。

南京大屠殺二級戰犯審判開庭，大家紛紛佩戴上翻譯的耳機，田中秀樹在法庭上辯解自己無罪，他所做的一切是為了大和民族而戰，他的辯護律師甚至開解道南京大屠殺根本不存在。

朱光煜反駁道他們的辯解就是無稽之談，辯護律師當時還在日本上學，根本沒能來南京，辯護律師表示自己跟很多日本軍官(文章 飾)都證實了日軍占領南京時，南京已經沒有人，被燒的房屋里也無人居祝百姓們聽到日方辯護律師的話大聲地斥責他信口開河，胡編亂造。

玉墨(小宋佳 飾)頭戴黑色的頭紗來到了庭審現場，紅十字會的副會長帶著一具具白骨出庭作證，即使只剩白骨大家依舊能感受到當時日軍的殘暴，國民黨軍官們聽到他的陳述紛紛流下眼淚。