因為日本的細菌珍珠港計劃是絕對的秘密，一旦失敗，所有掌握核心秘密的人都得死。所以河野夫和自己的屬下，必須切腹自殺為大日本帝國殉葬!

川島(呂一丁 飾)趕過來時，河野夫托付川島要把自己的遺體運回大日本帝國，川島心情沉重的答應了。

包括河野夫在內的所有核心成員都剖腹自殺了。

就在石原也準備自殺時，他的老師德川趕到了，阻止了石原，他告訴石原，他們的使命還沒有完成，他不能死。

川島開始指揮士兵埋設炸藥，他要把這個罪惡的細菌基地炸毀，目的是消滅證據。而劉大鵬(劉小鋒 飾)和李夢云(陳紫函 飾)她們要爭分奪秒趕在川島動手處死在押犯人之前，救出江嫂(蘇麗 飾)和伊萬諾夫。

美智子(韓燁 飾)來到細菌基地瘋狂的到處尋找自己的父親。

經過艱苦的努力，劉大鵬他們終于把江嫂他們成功的救了出來，看著細菌基地火光沖天，爆炸聲四起，劉大鵬李夢云以及江嫂他們都感慨萬千，這個魔窟，曾經害了多少中國人，給中國帶來了多么深重的災難。

因為石原是直接負責病毒研究的科學家，所以對石原的下落上級極為重視，善后清理時，因為尸體都被火燒過，損毀嚴重，李夢云只能通過石原的物品，證件來間接判斷，石原已經自殺。

雪城解放了，中共雪城委員會正式成立，李夢云任委員會主任。

劉大鵬帶著李夢云祭拜了父親李天昊(王剛 飾)和小野(邵汶 飾)，告訴他們勝利的消息，以告慰他們的在天之靈!

劉大鵬也帶著弟兄們通過了考驗順利的加入了共產黨，成了一名光榮的中共戰士。

而此時，國民黨為了打贏內戰，也正在積極地招兵買馬。

其實石原也并沒有死，在德川的安排下，石原已經逃離了細菌基地隱藏起來，他告訴德川，自己對今天的這個結局早有準備。他手里還有最后的一招也是最厲害的一招，更厲害的新型生化武器，現在只要找出他被事先注射了特殊病菌的三個馬盧達他的計劃就可以順利啟動。

李夢云發現，雪城的傷寒病人突然大量增加，李夢云趕緊打電話向上級聯系疫苗控制疫情!

隨后，押運疫苗回來的李夢云被一伙身份不明的蒙面人打劫，好在劉大鵬及時趕到，才沒有發生嚴重的后果。但，他們很奇怪，是誰要這么做，目的是什么!