梁柳(肖聰 飾)逃獄不舍兒進宮搶奪終伏法皇甫謐(陳浩民 飾)編成醫書飄然遠去成傳說

梁柳下了大獄，終于知道生命之可貴，不想就這樣死去，懇求皇甫謐去找皇上(焦恩俊 飾)求情，饒自己一命，不要讓世代藥家就這樣斷了傳人。皇甫謐告訴梁柳，不要把自己想的太過重要，這天下不缺病人，也不缺大夫，無數輩人的經驗積累，才有了如今的醫書藥典，并不會因為某個人或者醫館的存續就真的從此消失。梁柳知道自己必死，一時驚厥了過去，皇甫謐連忙施針幫他醫治。

關在隔壁的司馬魁(陳繼銘 飾)看到皇甫謐隨身帶著銀針，求他為自己扎針讓自己速死，免得出去當街斬首不得全尸。皇甫謐告訴司馬魁，自己是個大夫，只救人，不殺人。此時，李公公來獄中傳旨，因為麗妃(王泫伊 飾)的求情，皇上改變了心意，賜下一杯毒酒，留了司馬魁全尸。

梁柳看著沒了希望，喃喃自語，不知道家中的老母該如何活下去。本來就病重時日無多，還要經歷白發人送黑發人的心痛。皇甫謐去向王大人求情，王大人征得皇上的同意，把梁柳臨時放了出來，在病床前伺候梁老夫人，直到她溘然長逝，由梁柳籌備喪事，完成葬禮。

李公公帶兵在一旁等候，梁柳拜祭完母親就宣布皇帝旨意，要梁柳自裁謝罪。沒想到梁柳拿著用來自裁的匕首突然暴起傷人，打倒了士兵逃跑了。

李公公一看召集了，帶人去追也沒有找到梁柳的下落。皇上壽筵在即，李公公不敢這個時候去報告壞消息，想著梁柳最恨皇甫謐，想讓皇甫謐用自己當餌，把梁柳找出來。香苓(王鷗 飾)堅決反對，皇甫謐也告訴李公公，梁柳如今只想著逃出生天，不一定會來找自己，但是他知道梁柳一定會找一個人，只要李公公安排好，就一定能抓住梁柳。

梁柳偷偷潛入宮中，想讓麗妃跟隨自己一起出宮。麗妃進入冷宮之后開始反省之前所做種種，她告訴梁柳是他們做錯了，應該留下來接受應有的懲罰。梁柳卻不肯放棄自己的骨肉，要把孩子帶走。麗妃無力阻止他一錯再錯，很是無奈。

皇上來看小皇子，正叫人把小皇子抱過來，梁柳突然從天而降，搶過了孩子就要跑，卻被旁邊的宮女攔住了。梁柳定睛細看，原來宮女打扮的居然是香苓。香苓和梁柳戰在一處，終于把孩子搶了過來。梁柳在官兵合圍之下也被殺身亡。皇上這時才知道梁柳逃跑，但是皇甫謐算準了他一定會來搶皇子，讓李公公提前準備，這才能順利讓梁柳伏法。皇上再見香苓已經沒有了之前的感覺，讓她轉告皇甫謐，自己欠了皇甫謐一個情。

香苓回到神針堂，發現皇甫謐又是一晚沒睡，抓緊在寫醫書，很是擔心他的身體。皇甫謐卻借口自己是帝王紀事寫累了，改寫醫書換換腦子。香苓無計可施。

皇帝大壽在即，皇上卻因為司馬魁之死心情并不太好，不想大擺宴席，讓百官不可鋪張浪費。李公公給皇上看壽筵當晚安排的表演，除了歌舞，重要的就是皇甫謐當庭誦讀帝王紀事了。皇上怕皇甫謐又出問題，派了一隊士兵保護神針堂，讓皇甫謐不要受干擾，好好寫書。

皇甫謐身體疲憊卻精神亢奮，他終于集合了半部《青囊經》，師傅的《紅囊經》，還有英慧(周放 飾)在西域找到的外傷麻醉和草春堂的藥典，還有皇甫謐自己研究出來的一陣通三絡，寫完了整本醫書。云婉(張默錫 飾)讓皇甫謐給醫書取個名字，皇甫謐準備命名為黃帝針灸甲乙經。云婉聽這個名字覺得和自己聽過的另一個名字很是相似，就告訴了皇甫謐，皇甫謐這才知道，原來傳說中的黃帝陰陽五行圖正在宮中，就在御書房。英慧在宮里也曾去找過這個圖譜但是沒有找到。皇甫謐一聽更需要進宮一趟了，因為五行圖把人的穴位都標了出來，讓后人可以按圖索驥，對針灸的學習大有用處，比寫一萬個病例還有價值。

皇甫謐把寫好的醫書交給香苓保管，讓她答應自己，不管發生什么事，都要讓這些醫書流傳下去。香苓覺得皇甫謐的態度很奇怪，追問他緣由。大師兄此時趕來讓他們回神針堂看看。神針堂來了許多士兵，說是皇上吩咐來保護皇甫謐寫書的，等皇甫謐完成書稿，皇上壽誕之時，就把皇甫謐送進宮去。皇甫謐終于瞞不下去，對大家說了實話。香苓這才知道，皇甫謐不肯更改帝王紀事，到時候不交書是死，交了皇上不滿意，還是死。大師兄和香苓知道皇甫謐不說出來是不想大家擔心，但是這樣以來，也讓大家無法與皇甫謐一起承擔。大家紛紛出主意，不能這樣坐以待斃。商量之后，皇甫謐決定皇上壽筵當日逃走。

到了壽筵當天，皇甫謐隨士兵進宮，香苓大師兄他們隨即帶著包袱離開。大師兄去投奔封衡師祖，香苓則在約定地點和皇甫謐匯合。

皇甫謐進了宮，皇上給他準備了房間換衣服參加壽筵，誦讀《帝王紀事》。皇甫謐打發走士兵，溜到御書房開始找五行圖。

皇上等著皇甫謐來獻書賀壽，云婉幫皇甫謐找了很多借口拖延時間，終于等不下去了，云婉替皇甫謐參加了壽筵，朗讀了《帝王紀事》的前序。

皇甫謐找到了五行圖趕緊預備出宮，到了宮門口卻被士兵攔住。他借口有東西忘在了神針堂要回去拿。香苓不放心來到宮門口等皇甫謐，見他被人阻攔，直接出手救走了皇甫謐。

看門士兵不敢怠慢，連忙回報皇上，皇上很是生氣，云婉告訴皇上，皇甫謐走前留了東西在御書房。皇上看到了一本和之前一字不變的《帝王紀事》，還有一本皇甫謐集合基本醫書和自己的經驗，寫出的《黃帝針灸甲乙經》。皇上拿著兩本書，想想自己與皇甫謐的種種糾葛，不由慨然一嘆，仰天大笑了起來。

皇甫謐和香苓從此歸隱山林，過上了夢想中的田園生活。而他們行醫治病的事跡，永遠在民間流傳。