中田(任大為 飾)等人得知 莫采石(巫剛 飾)和 程慈航(喬振宇 飾)都去參加酒會，他們趁著夜色摸進莫采石家里，四處亂翻東西時不小心弄出很大的聲響，莫太太(吳玉芳 飾)誤以為程慈航回家，連忙出門查看，被中田等人刺翻在地。

程慈航得知家中出事的消息匆匆趕回家里，他發現莫太太沒有大礙之后，忙到現場勘查。程慈航根據現場情況推斷，此事應該是中田等人所為，他隱隱感覺到中田背后站著的死神，立即莫名緊張起來，他要和中田等人搶時間。

家里發生這樣的事情，莫采石感到很沒面子，他讓馬副官封鎖消息，加強安保并徹底調查事情真相。馬副官立即把 歐陽倩(安以軒 飾)和劉猛等精干力量派到莫廳長家。接受任務的歐陽倩發現能文能武的程慈航竟然不會熬中藥，連忙交給程慈航熬藥的方法。程慈航專注地看著歐陽倩忙碌的身影，入神地想起小玉的樣子，他對歐陽倩提出的問題答非所問。為了打破尷尬的氣氛，歐陽倩連忙和程慈航聊起了案子，程慈航讓歐陽倩幫助自己從肖主任被殺案入手，調查五九檔案丟失的真相。

歐陽倩領著程慈航到了案發現場， 劉阿常(馬侖 飾)認為程慈航和 嚴達慶(王品一 飾)不對付，趕忙通知嚴達慶。正當程慈航準備到二樓勘察時，嚴達慶帶人把程慈航趕出現常身為首席獨立大偵探，不僅不能參與案件調查，還被嚴達慶持槍威脅，程慈航忍無可忍，一把奪下嚴達慶的手槍。嚴達慶不甘心就此罷手，接到手槍后毫無君子風范沖著程慈航和歐陽倩扣動扳機，誰知彈匣早被程慈航卸下。

莫采石得知嚴達慶狀告程慈航妨礙公務，感到很是為難，因為程慈航的父親曾經救過莫采石的性命，莫采石早已把程慈航當做自己的兒子。莫采石告訴程慈航為了自身安全一定要放棄對案件的調查。程慈航堅持要偵破此案，因為五九檔案除了涉及個人恩怨外，還涉及民族尊嚴。莫采石看到程慈航決心如此之大，勉強同意程慈航以布衣偵探的身份參與破案，但是要遵循“剛者易折，柔者長存”的處事原則，在暗流涌動的警察廳小心從事，保護好自己。

嚴達慶得知附近只有湯山別墅17號養著一匹汗血寶馬，它的馬毛和現場遺落的一致。為了破案不惜一切的嚴達慶馬上帶人到湯山別墅進行抓捕。莫采石知道此別墅住著的是陸軍上將胡宗南的親舅舅，此人脾氣火爆，莫采石為嚴達慶感到擔心。果然，莫采石話音未落，嚴達慶就滿臉是傷地回來了。

碰了釘子的嚴達慶只好找到程慈航，讓他幫忙破案，并把趙軍安插在程慈航身邊。

程慈航分析認為，此馬鬃是做小提琴的用料，他讓歐陽倩幫忙查找南京城所有的西洋樂器行。接受任務的歐陽倩趕忙回到大院，讓師妹 李麗蘭(王偉 飾)立即進行查找。拿到資料，程慈航決定從紫金樂器行查起。程慈航和歐陽倩在紫金樂器行的制造車間仔細搜查，突然，一塊巨大的木板沖著他們砸了下來。程慈航趕忙用手擋開木板，把歐陽倩攬在懷里，這時，他發現一個黑影一閃而過。就在程慈航準備追趕時，外面響起了槍聲，程慈航從槍聲里判斷出來者是嚴達慶。果真如此，原來嚴達慶接到劉阿常密告，害怕程慈航搶功，趕忙匆匆來到現常警察四處搜查發現一個包裹，里面裝滿了金銀珠寶，這些應該是兇手從肖主任順手捎過來的。程慈航以嚴謹的推理，告訴大家直接到這家樂器行的原因，讓警員們佩服不已，連嚴達慶都頷首稱是。調查樂器行廠長得知，此包裹的主人是工人李大壯，程慈航推斷這根馬鬃應該是他在作案時系扣子所用。

嚴達慶等人匆匆趕到李大壯家，發現李大壯已經因為吸食鴉片過量身亡，嚴達慶認為可以結案。程慈航仔細查看時發現，李大壯頸部有個很小的出血點，他懷疑警察局有內鬼。

霍然(屈剛 飾)也認為肖主任被殺案成功告破，他對嚴達慶和程慈航通令嘉獎。程慈航認為此案尚存疑點，他告訴莫采石不能倉促結案，要求給自己三天時間查清真相。

程慈航對五九檔案的執著，讓莫采石隱隱擔憂，他不知道程慈航在這個詭異莫測的復雜危局中會闖下什么滔天大禍。