801艇上，大家都進入枯燥但嚴謹的遠航生活，各自牽掛著自己的家人、愛人。潛艇進入預定航道，開始了一系列的測試和實驗。在不斷的測試過程中，五艙出現了液壓系統故障，盧一濤(高旻睿 飾)報告說航行一切正常。尚堂(王陽 飾)主動請纓到五艙查看情況，發現出了液壓系統受到海底高壓的影響出了故障，其他一切正常。周艇長讓尚堂及時搶修，注意操作安全。周艇長對大家說鼓氣，說五艙出現故障說明801艇還是存在一些隱患，但是要大家堅定信心，相信自己身邊的戰友，心懷祖國，一定完成好這次深潛實驗任務。801艇成功到達五號海域，五艙的液壓系統已經搶修好，這時鹿寧(韓宇辰 飾)發現了海面上不明艦體的航行噪音。周艇長指揮著大家下潛，向不明艦體發生了魚雷干擾彈，不明艦體終于漸漸的遠離。大家都高興不已，801艇慢慢的浮出了水面。周艇長將盧一濤帶到了潛艇上，看著茫茫的大海，周艇長問盧一濤有什么想法。盧一濤說一望無際的大海，周艇長說大海是有盡頭的，只要一直按照航線一直向前。盧一濤說自己只要看到大海，就覺得呂艇長在自己身邊。周艇長說接下來的長航會考驗大家的欲望和耐力，要盧一濤在適當的時間把信息傳達給大家。長航十五天，姜耀(徐洋 飾)開始情緒急躁，大家都以為他是想小夏了，但是韓冰洋(金禹伯 飾)狀態還不錯。盧一濤說長時間的航行焦躁是正常的，姜耀死不承認。盧一濤和韓冰洋一唱一和的說一跳潛艇就是一個人，潛艇上的所有人都是血脈相連。長航二十五天，盧一濤告訴陳政委習楠已經一天沒有吃東西了，陳政委說長航出現厭食是正常的，讓盧一濤帶習楠去餐廳。盧一濤將金子晴(劉璐 飾)的第一封信拿給政委，政委讓盧一濤自己打開。晚餐時間，習楠還是不想吃飯，這時，政委的聲音在廣播里響起，政委充分肯定了大家這段時間艱苦耐勞的精神，說自己給大家準備了一份禮物，讓大家好好聆聽來自龍宮的深海之音。韓冰洋的琴聲隨著廣播溫柔的安撫了所有人的內心，習楠開始吃飯了，盧一濤松了一口氣。長航五十天，鹿寧開始嚴重失眠，兩天兩夜沒合眼。尚堂問他是否聽過音樂，盧一濤說韓冰洋的手都快拉斷了，還是沒有任何的效果。在尚堂的提示下，盧一濤拿出了金子晴的第二封信，上面只有一個字：動。尚堂和盧一濤帶著大家做運動，運動后鹿寧進入了香甜的夢鄉。盧一濤和尚堂進行著較量，盧一濤將金子晴最后一封信交給了尚堂。尚堂問盧一濤這么選擇會不會后悔，盧一濤說人生都是一個選擇接著一個選擇，但是自己絕不后悔。尚堂說那要是以后自己和金子晴有任何的發展，也希望盧一濤不要后悔。司令將金子晴和沈文(滕砹 飾)叫到辦公室，說這次長航因為條件不允許所以沒有讓她們去，現在讓他們去801艇即將到達的目標港口，在方舟號醫療船上為他們進行一次全面的體檢和心理評估。兩人保證一定完成任務。長航九十天，當周艇長宣布了這個九十天已經打破了中國海軍長航的記錄時，大家高興不已。周艇長說大家都承認了巨大的壓力，同樣的機器設備也是一樣的，越是這種極限的時候，機器設備出現故障的幾率就越大，需要大家繼續保持高度的注意。同時周艇長宣布了801艇即將停靠目標港口進行補給和維修，所有的官兵都將分批接受身體檢查和心里評估。高迪(張家鼎 飾)一高興，撞在桌子上把腦袋撞傷了，周艇長吩咐明天一靠港就把他送上去接受治療。在經過了九十天的長航后，大家終于第一次感受到了陽光照耀在身上的溫暖。大家分開進行身體檢查。金子晴和盧一濤在電梯遇到，盧一濤說自己一切良好。姜耀找到金子晴，說自己這次長航是一個很特別的體驗，出發前先寫好自己的遺書，明明自己還活在這個世界上，但是已經安排好自己以后的生活。姜耀將自己和父母關系的不好的事情告訴了金子晴，說自己發現最擔心的其實就是父母和小夏。金子晴讓他回去后就和父母和好，只要是他開口，父母一定很高興的。金子晴找到尚堂，讓他等著晚上結束工作后來找自己。尚堂高興不已，被治療的醫生調侃。鹿寧借口自己胸悶想要沈文給自己檢查一下，被韓冰洋不留情面的拆穿了。高迪躺在病床上，沈文來看他，兩人發現是老鄉，相談甚歡，不料被席楠(袁布 飾)中途截胡，把沈文帶走了，高迪郁悶不已。席楠說自己在長航的最后都快忘了怎么表達了，但是現在就想把三個月都沒有說的話全部說完，沈文笑著說洗耳恭聽。