溫體仁和梁廷棟(曹征 飾)發現朱由檢根本不想殺死魏忠賢(梁冠華 飾)，竟然默許他把家里的金銀細軟都拉走，他們逐漸覺得朱由檢并未如想象中那樣簡單，這時，朱由檢以前的親信徐應元突然進宮，溫體仁知道這個人當太監之前是一個賭徒，而且和魏忠賢交往過密，梁廷棟很好奇，就和溫體仁在原地等徐應元出來。朱由檢讓徐應元把信王府的家具擺設都搬進宮，他用著習慣了，徐應元鼓足勇氣為魏忠賢求情，朱由檢沒等他說完，就氣得大發雷霆，當場免去他的官職發配遼東，徐應元嚇得跪地求饒，溫體仁和梁廷棟看到這一幕，斷定魏忠賢必死無疑。

朱由檢下旨捉拿魏忠賢回京，還調動了錦衣衛和府城周邊各地的公差和兵役，魏忠賢的老家被團團圍住，薛公公勸他早做打算，可以去皮島投靠毛文龍，魏忠賢追悔莫及，他太小看朱由檢了，而且毛文龍不但不會收留他，還會落井下石，魏忠賢不由地想起自己宦海沉浮幾十年的輝煌，覺得心滿意足了，魏忠賢送給薛公公一大箱金銀財寶，讓他遠走高飛，可薛公公卻想一直追隨他。

崔呈秀一氣之下把家里的古董字畫，金銀財寶全部毀掉，就是不想給朱由檢留下，隨后讓妻兒老小自行了斷，自己則懸梁自盡。魏忠賢自知在劫難逃，把薛公公支出去后懸梁自盡，薛公公見狀喝下早已準備好的毒藥，當場暴斃身亡。朱由檢順利除掉魏忠賢，下旨把魏忠賢的頭顱割下，懸掛在肅寧城頭示威三個月，還把他的尸體凌遲，同時把客氏貶為庶人，永世不得翻身，罰她到浣衣局做苦役，還讓宮女們每天鞭打她。

朱由檢拿出皇太極發來的吊唁和祝賀的國書，皇太極自稱大金國天聰大汗，和朱由檢兄弟相稱，朱由檢氣得怒不可遏，發誓要兵發建州，殺了皇太極，當即決定重新啟用袁崇煥(邵兵 飾)。程本直(劉屹宸 飾)和袁崇煥很久以前偶遇一個高人，他留下了十六字讖語，程本直反復研究了許久，羅立很好奇，就來湊熱鬧，他無意中的一句話點醒了程本直，程本直趕忙把袁崇煥叫來，向他詳細分析那十六字讖語的含義，最后總結出一個“清”字，還有一種叫海東青的鳥類，程本直也百思不得其解。

朱由檢為了穩定朝局，并沒有除掉魏忠賢的黨羽，梁廷棟郁郁寡歡。朱由檢不眠不休，茶不思飯不想，只是埋頭批閱奏折，他讓成基命擬奏折傳袁崇煥回京復命，下旨封袁崇煥為兵部侍郎兼都察院右副都御使，還讓他即刻進京。刑部和都察院對許顯純網開一面，竟然只給他過失致死的罪名，朱由檢很惱火，當場交由王永光全權處理，他借口自己無德無能百般推諉，朱由檢立刻把他趕走，錢龍錫(唐國強 飾)提醒朱由檢，魏忠賢雖然死了，可他的黨羽遍布各部，而且盤根錯節，牽一發而動全身，朱由檢要親自審理許顯純的案子。很快，朱由檢就下旨把魏忠賢手下的五彪五虎全部斬首，抄沒家產，他們的家人全部流放遼西，對崔呈秀開棺戮尸，還把刑部尚書蘇茂相和都察院左都御史曹思誠撤職查辦，以儆效尤。朝野上下一片嘩然，朱由檢派溫體仁和梁廷棟徹查魏忠賢余孽，溫體仁斷定是錢龍錫從中搞鬼，他不想接這個費力不討好的活，梁廷棟對他好言相勸，還盡力撇清關系，想置身事外，溫體仁忿忿不平，搬出梁廷棟攀附魏忠賢，陷害孫承宗，暗中彈劾袁崇煥的事相威脅，梁廷棟聲稱自己是為了救孫承宗才出此下策，溫體仁不依不饒，揭穿他把孫承宗寫給袁崇煥的信交給魏忠賢，孫靈汐(王媛可 飾)路過正好聽得清清楚楚，她徹底心灰意冷，狠狠打了梁廷棟一耳光奪門而去。

袁崇煥接到朱由檢的圣旨，他對朝廷已經失望之極，袁崇煥有信心戰勝皇太極，可沒有信心戰勝朝中的奸臣，程本直聲明孫承宗入獄與梁廷棟有關。孫靈汐連夜來看孫承宗，可她站在門外猶豫不決，她不忍心把這個壞消息告訴孫承宗。